Zavedení účinných protiepidemických opatření brání nedostatečné finanční i personální zdroje a logistické problémy.
Za zhoršován situace s výskytem nejen malárie, ale i dalších, komáry přenášených nemocí jsou, podle některých vědců odpovědné i klimatické změny. Komáři se posouvají do větších nadmořských výšek a jejich chování se stává agresivnější.
Stoupá také rezistence komárů na insekticidy a rezistence původce malárie k používaným lékům.